Un homme vient de passer six longues années derrière les barreaux pour un viol alors qu'il a toujours nié sa culpabilité. Une nouvelle technique de recherche ADN permet aujourd'hui de prouver son innocence. Il décide de porter plainte et Horatio se lance à la recherche du vrai coupable. Mais les chances de retrouver le véritable criminel apparaissent bien maigres. De son côté, Alex tente de réunir suffisamment de preuves pour inculper un chirurgien dont la négligence aurait causé la mort d'une patiente.