A Tsamantas, à la frontière gréco-albanaise, Jason Bourne participe à des combats clandestins. Pendant ce temps à Reykjavik, Nicky Parsons tente de récupérer des fichiers mettant au jour des opérations secrètes de la CIA. A Langley, au quartier général de la CIA, l'agente Heather Lee découvre cette manoeuvre et prévient son supérieur, Robert Dewey. Celui-ci est prêt à tout pour mettre la main sur Parsons, mais aussi sur Bourne. Il charge un agent surnommé l'Atout de le retrouver. Ce dernnier hait Bourne depuis qu'il a exposé le programme Blackbriar dans les médias.
