Le soir d'Halloween à New York : alors que les tortues ninjas assistent, avec une bonne pizza, à un match de basket, que Vernon Fenwick profite d'une exposition médiatique à la suite de l'arrestation du terrible Shredder, April O'Neil, soigneusement déguisée, mène l'enquête sur le scientifique Baxter Stockman. Elle le soupçonne fortement de travailler avec le Footclan, et donc Shredder, à un maléfique projet. Pendant ce temps, et ce, malgré l'intervention des tortues, le criminel profite d'un transfert pour s'évader, avec l'aide de Krang.
