Deux mois se sont écoulés depuis la disparition de Gibbs et McGee dans la jungle du Paraguay, en Amérique du Sud. Leurs coéquipiers les recherchent sans relâche, malgré l'interdiction de leur hiérarchie. Dans le même temps, Vance et Torres sont convoqués à une audience du Congrès, à Washington, à propos de cette mission au Paraguay contre un groupe de rebelles insaisissables. Ces derniers détiennent toujours Tim et Jethro. Bishop, qui dirige l'équipe en l'absence du patron, se sent débordée par ses nouvelles responsabilités.