Jimmy, Ellie et Gibbs se rendent à bord d'un sous-marin où un quartier-maître a trouvé la mort au cours d'une plongée de routine. Tout porte à croire que cet homme surentraîné a été assassiné. Kasie en obtient bientôt la preuve. Au cours de l'enquête, le bateau plonge soudain en immersion et passe en silence radio. La tension monte d'un cran quand les agents comprennent que le capitaine a reçu l'ordre de tirer un missile. Dans le même temps, l'équipe prépare une fête pour le dernier jour de Ducky au NCIS.