L'équipe est appelée dans le hangar d'une base de la Navy où une fillette prénommée Lily a été trouvée. Sous-alimentée, elle se révèle être la fille d'une recrue de la marine, Morgan Burke, portée disparue depuis 10 ans et supposée morte. Tout porte à croire qu'elle avait, en réalité, été enlevée et avait accouché en captivité dans une cave où elle vivait désormais avec son enfant sous la coupe de son ravisseur. Bishop découvre bientôt que Ziva David, ancienne agente du NCIS, avait enquêté secrètement à l'époque sur cette affaire.