Un matin, Tony ouvre une lettre adressée aux agents du NCIS. Elle contient une poudre grise qui se trouve être infectée par la peste. Une procédure de décontamination est lancée et toute l'équipe est mise en quarantaine. Seul Tony réagit positivement aux tests. Tony et Kate, qui est enrhumée, sont confinés dans un sas médical. L'expéditeur exige la réouverture d'un dossier classé sans suite : le viol de Sarah Lowel par plusieurs officiers. Le reste de l'équipe a trois jours pour résoudre cette affaire, délai au bout duquel le virus tuera Tony...