Le colonel Frederik Cooper est tué sur un terrain de golf réservé aux militaires, sous les yeux de son fils. Il pourrait s'agir d'un acte terroriste sur lequel le NCIS doit travailler avec l'unité d'enquêtes criminelles de l'armée, dirigée par la lieutenant-colonel Mann. Pour localiser la cellule terroriste, McGee s'introduit dans des fichiers informatiques des services secrets. L'équipe apprend que Josh, le fils du colonel Cooper, a décidé de s'engager pour venger la mort de son père. Tony, qui travaille sous couverture, multiplie les rencontres...