Une patrouille de marines retrouve deux jambes amputées dans un buisson et prévient directement le NCIS. Après avoir fait les analyses, un bout de gant trouvé sur les lieux du crime révèle des empreintes : il s'agit de celles de l'agent Tony DiNozzo. Au NCIS, tous sont convaincus que leur coéquipier est victime d'un piège, mais c'est le FBI qui est chargé de faire la lumière sur cette affaire. Tandis que Tony est placé en garde à vue, Gibbs et ses collègues partent à la recherche du véritable coupable...