A bord d'Air Force One, après avoir déjeuné avec le président des Etats-Unis, le commandant de Marine Ray Trapp est victime d'une attaque cérébrale. Accompagnés du médecin légiste Ducky Mallard, Gibbs et Tony DiNozzo, agents du NCIS, se rendent à l'aéroport pour éclaircir cette mort soudaine. Ils demandent aux agents du FBI et des services secrets d'évacuer l'avion pour examiner le corps. En charge de la protection du président, l'agent Kate Todd, membre des services secrets, les aide dans leurs investigations...