En pleine nuit, une jeune femme appelle la police, apeurée par son ex-mari qui tambourine à la fenêtre. Lorsque les policiers arrivent sur place, ils découvrent un homme couvert de pustules qui décède presque immédiatement. Il s'agit d'un ancien militaire, atteint d'une forme de variole particulièrement virulente. Pour mener cette délicate enquête, le gouverneur demande à Danny et Chin Ho de collaborer avec Callen et Hanna, deux agents du NCIS de Los Angeles. Après avoir examiné le corps, Max craint qu'une épidémie menace l'île. De son côté, Danny s'inquiète d'être sans nouvelles de McGarrett...